งอสายโซ่ของสารตกค้างข้ามตารางเพื่อให้หน่วยที่ไม่ชอบน้ำรวมตัวกันเป็นแกนกลางที่ถูกฝัง - และบีบพลังงานลงให้เหลือน้อยที่สุดที่พิสูจน์แล้ว
โปรตีนถูกจำลองเป็นสายโซ่ของสารตกค้างที่ไม่ชอบน้ำ (H) และขั้ว (P) บนโครงตาข่าย 2 มิติ เพื่อนบ้านที่ไม่ชอบน้ำซึ่งนั่งติดกันโดยไม่ถูกพันธะจะลดพลังงานลง เป้าหมายของคุณคือการพับโซ่เพื่อให้ H ที่ตกค้างกลายเป็นแกนที่มีขนาดกะทัดรัดและคุณจะได้พลังงานที่เหมาะสมที่สุด
Helixfold สร้างขึ้นจากแบบจำลองโครงตาข่ายที่ไม่ชอบน้ำและมีขั้วแบบคลาสสิกของการพับโปรตีน โดยเปลี่ยนการค้นหาการพับให้กลายเป็นปริศนา
สายของเรซิดิวที่ไม่ชอบน้ำและมีขั้วบนแลตทิซ ที่การสัมผัส H-H ที่ไม่ได้เชื่อมพันธะกันลดพลังงาน คือแบบจำลอง HP ของการพับตัวของโปรตีน
การให้คะแนนพลังงานโดยตรง แทนที่จะเป็นความคล้ายกับรูปร่างที่รู้จัก คือแนวทางที่เป็นต้นฉบับ
พลังงานเป็นเป้าหมายที่ถูกต้องเพราะมันคือสิ่งที่ธรรมชาติทำให้ต่ำที่สุด ปรากฏการณ์ไม่ชอบน้ำผลักเรซิดิวไม่มีขั้วเข้าด้านใน และแบบจำลองที่มีแทบไม่มีอะไรอื่นยังสร้างแกนกลางที่อัดแน่นแบบที่โปรตีนจริงมีได้ ซึ่งเป็นเหตุผลที่แบบจำลอง HP อยู่รอดในฐานะเครื่องมือสอนและวิจัย
Helixfold สร้างขึ้นจากแบบจำลองโครงตาข่ายที่ไม่ชอบน้ำและมีขั้วแบบคลาสสิกของการพับโปรตีน โดยเปลี่ยนการค้นหาโครงสร้างพลังงานขั้นต่ำให้กลายเป็นปริศนาที่สัมผัสได้ มันเป็นเกมเบราว์เซอร์ดั้งเดิมฟรีที่มีความยาวสามโซ่และโหมดรายวันและโหมดฝึกฝน